Když byl 31. 7. 1678 posvěcen kostel sv. Ignáce, byly v něm už s největší pravděpodobností instalovány i varhany. Jednalo se o barokní nástroj se dvěma manuály a 19 registry. V pozitivu zabudovaném v zábradlí hudební kruchty byly umístěny píšťaly II. manuálu, v hlavní skříni se nacházely píšťaly I. manuálu. V roce 1912 bylo rozhodnuto
o přestavbě těchto barokních varhan. Správa kostela vybrala k tomuto účelu známého pražského varhanáře
ze Žižkova, Emanuela Štěpána Petra. Protože se jednalo o přestavbu menšího barokního nástroje na větší romantický nástroj, muselo dojít i k určitým změnám na varhanní skříni. Barokní varhanní skříň byla prohloubena a do tohoto, stále však malého prostoru, E. Š. Petr doslova napěchoval jak vzdušnice, tak i 50 znějících registrů. Z barokního nástroje se rázem stal nástroj romantický, který také vyhovoval tzv. „řezenské“ reformě. Píšťaly ze skříně pozitivu
v zábradlí kůru Petr odstranil. Zanechal jenom prospektové píšťaly a z pozitivu se stal jakýsi kosmetický doplněk celkového pohledu na varhanní kruchtu. Měl však i své praktické využití. Stala se z něj skříň na noty.
Na konci 2. světové války způsobily výbuchy bomb na Karlově náměstí při mylnému náletu na Prahu narušení statiky kůru. Protože postupem času hrozilo zřícení celé varhanní kruchty i s nástrojem, rozhodla se správa kostela varhany demontovat, kůr zpevnit, hudební nástroj zrekonstruovat a znovu postavit. V roce 1988 došlo k rozebrání Petrových varhan a k zahájení nezbytných statických oprav kůru. Jeho oprava probíhala velice rychle. Ocelové nosníky nahradily staré dubové trámy, byla položena nová podlaha. Finančních prostředků na varhany už se však nedostávalo. V kostele tak roky chyběla rovnocenná dominanta proti hlavnímu oltáři. Až do roku 2011 se hledal způsob, jak provést opravu varhan a vrátit je zpět na jejich místo. Zatímco nápadů na obnovu přibývalo, barokní skříň i píšťalový fond chátral, neboť chybělo potřebných peněz a odvahy.
Odborná diskuze k obnově nástroje E. Š. Petra se táhla několik let. V září roku 2001 vydal Státní ústav památkové péče „Odborné vyjádření k obnově památkově chráněných varhan“. Na základě tohoto vyjádření vznikla komise složená z: Duchovní správy u kostela sv. Ignáce, Magistrátu hlavního města Prahy, Pražského ústavu památkové péče, Státního ústavu památkové péče a z Arcibiskupství pražského. Tato komise pak rozhodla rozdělit restaurování varhan na dvě etapy.
První etapa se týkala restaurování varhanního pozitivu v zábradlí kůru dle doby jeho vzniku. Tímto úkolem byl pověřen varhanář Vladimír Šlajch. Toto dílo bylo inaugurováno 21. 4. 2002. Druhá etapa odstartovala v únoru 2011, kdy správce kostela podpořen příslibem finančního zajištění rozběhu díla rozhodl obnovit varhany od Emanuela Štěpána Petra. K tomu byla vybrána firma Kánský – Brachtl.
Obnovené historické varhany v kostele sv. Ignáce na Karlově náměstí v Praze požehnal v úterý 12. listopadu 2013 pražský arcibiskup Dominik kardinál Duka. Slavnostní mši svatou v předvečer svátku sv. Anežky České doprovázel sbor a orchestr Arcibikupského gymnázia s dirigentem Igorem Angelovem a sbormistry Petrem Klímou a Radkem Seidlem. Na varhany zahrál Přemysl Kšica. O slavnostní rozeznění varhan se postaral dlouholetý regenschori
při kostele sv. Ignáce Jan Blabla, který osobně zažil jejich demontování v roce 1988. Na závěr mše svaté rektor kostela sv. Ignáce P. Josef Čunek SJ přiblížil příběh obnovy historických varhan. Poděkovat všem, díky nimž byla rekonstrukce historických varhan umožněna, především štědrému mecenášovi Martinu Peroutkovi, který roku 2011 po dokončení rekonstrukce varhanní skříně přislíbil finanční zajištění rekonstrukce samotného nástroje, a tak umožnil plynulé pokračování obnovy varhan. Po mši svaté arcidiecézní organolog Štěpán Svoboda stručně shrnul dějiny výstavby varhan od jejich počátků v době barokní až po současný stav. Následoval koncert, společná prohlídka varhan a společné agapé.Druhého dne, 13. 11. 2013, o svátku sv. Anežky České, proběhl v 18:30 inaugurační varhanní koncert. Zazněla díla hudebních klasiků v podání varhaníka Vladimíra Roubala, ředitele kůru Královské kanonie premonstrátů na Strahově, a trubačů Pražského hradu. Fotografie z 12. listopadu 2013 naleznete na ZDE.
Třímanuálové historické varhany mají stejně jako v roce 1912 celkem 50 rejstříků a 3 100 píšťal. Nejmenší z píšťal měří 15 mm a největší 6 m.
Dispozice varhan: 
I. Manuál
Principál 16´
Principál 8´
Flétna harmonická 8´
Kryt hrubý 8´
Viola alta 8´
Corno 8´
Salicionál 8 ´
Kvinta 5´ 1/3´
Oktáva 4´
Flétna 4´
Fugara 4´
Cimbál 2´
Mixtura 4x 2´2/3´
Tromba 8´
II. Manuál
Bourdon 16´
Principál 8´
Flétna koncertní 8´
Kryt 8´
Gamba 8´
Kvintadena 8´
Dolce 8´
Principál houslový 4´
Oktáva 4´
Flétna 4´
Mixtura 4x 2´2/3´
Klarinet 8´
III. Manuál
Salicet 16´
Principál 8´
Flétna rourková 8´
Kryt jemný 8´
Aeolina 8´
Vox coelestis 8´
Oktáva 4´
Flétna 4´
Doublet 4x 2´2/3´
Picola 2´
Cor anglais 8´
Hoboj 8´
Pedál
Principálbas 16´
Grand bourdon 32´
Violonbas 16´
Salicetbas 16´
Fagot 16´
Subbas 16´
Pozoun 16´
Bourdonbas 16´
Quintbas 10´2/3´
Principál 8´
Bourdon 8´
Violoncello 8´
Spojky
I/P, II/P, III/P
II/I 16´,8´,4´
III/I 16´,8´
III/II 16´,8´,4´
III/III 4´